הארגון משמש גם כמרכז פעילות פיננסית של המשקים השותפים, מפעלים ותאגידי משקי עמק יזרעאל.

המוסד הכספי מופעל כמסלקה פיננסית, באמצעותו מתבצעת גביית התמורות עבור התוצרת החקלאית לכל משקי הארגון ותאגידיהם, כמו כן מתבצעים תשלומים לספקים, ואף משולמים תשלומי חובה – ביטוח לאומי, מס הכנסה ומע”מ.

הארגון מעמיד קו אשראי להון חוזר במידת הצורך (בעיקר כנגד התמורות החקלאיות הצפויות מהגידולים).

כמו כן במידת הצורך ובהתאם לכושר ההחזר – מועמדות הלוואות לזמן ארוך המאפשרות את תפקודם הפיננסי והמשך הפיתוח של ענפי החקלאות והתשתיות של הקיבוצים החברים והנלווים בארגון. במידת הצורך ניתן סיוע לשותפים בעת משבר.

הארגון עסוק בהגדלת התשואה של השותפים על ידי השקעות הכספים  בשוק ההון וקרנות אלטרנטיביות, ואף “מנגיש” השקעות בקרנות אגטק.

הארגון מקיים מערכת קשרים עם הבנקים במדינה ומסייע לקיבוצים במינוף פעילויות כלכליות.